Teritoriul actualei comune Cojocna a fost locuit din cele mai vechi timpuri, dar dovezi care sa ateste cine erau oamenii care au avut habitatul pe aceste locuri au aparut relativ tarziu.
La Apahida, in vecinatatea Cojocnei, a fost descoperit un cimitir celtic format din 21 de morminte, fapt care atestă că celţii au ajuns și în această zonă. Cultura dacică, reliefata prin obiectele de podoaba gasite in hotarul Cojocnei, asemanatoare cu cele descoperite in Muntii Orăstiei, ne indeamnă să afirmăm că şi pe teritoriul comunei e posibil sa fi fost o aşezare dacică. De altfel s-a descoperit că primele exploatări ale sării le-au făcut dacii la Valea Florilor, nu departe de Cojocna.
Exploatarea sării a continuat şi în perioada ocupaţiei romane a Daciei, cand împăratul Traian aduce primii colonisti odata cu popularea oraşului Napoca, ridicat pe locul unei aşezări dacice. Când au venit romanii, aceștia au ridicat exploatarea la un alt nivel, au făcut comerț cu sare, au făcut drumuri și castre în apropierea zăcămintelor, au făcut inclusiv legi ale sării. Din timpul lor ne-a rămas și cuvântul salariu, pentru că soldații din legiunile romane primeau o alocație în monedă special să cumpere sare pentru a-și conserva rația de carne.
In Dacia romana exista dovezi ca extragerea sarii se facea din salinele Cojocna, Sic, Ocna Dejului si Turda. Sarea exploatată din minele de la Cojocna era transportată cu carele până la râul Arieş, de unde se transporta pe calea apei mai departe pe Mureş pana in Panonia.
Cu sarea din Transilvania se aprovizionau populațiile de la nord și sud de Dunăre. Si pe atunci era mare nevoie de ea, se folosea la prepararea pieilor, la conservarea alimentelor și pentru hrana animalelor. Ea îi și diferenția pe oameni: doar bogații aveau sare pe masă. Era considerată aurul alb al lumii antice.
Odata cu retragerea romanilor la sud de Dunare acest teritoriu cunoaste navalirile popoarelor migratoare in valuri succesive. Ceea ce este sigur e prezenta slavilor pe aceste locuri prin secolele VI-VII, atestata de materialele ceramice cenuşii de tip Moreşti. Despre existenţa slavilor în aceste părţi vorbesc si cimitirele slave descoperite la Someşeni, la numai 20 km de Cojocna.
Patrunderea primelor triburi maghiare în Transilvania se leagă tocmai de bogăţia minerală a acestui teritoriu şi în primul rând pentru accesul la sare. Imediat după stabilirea pe aceste meleaguri ei reiau exploatarea minelor de sare găsite deschise.
Voievodul Transilvaniei avea la dispozitie garnizoane numeroase, care aveau ca sarcină principală strângerea dărilor de la populaţie, supravegherea exploatării aurului din Munţii Apuseni si a sării din ocnele ardelene, printre acestea numărandu-se şi Cojocna.
Ca sprijin al regalitatii maghiare în Transilvania pătrunde şi biserica romano-catolică, organizând asa numitele parohii antice în centrele cele mai importante şi ridicând biserici. O astfel de parohie antică a fost şi Cojocna, iar primul document amintind despre aceasta dateaza din anul 1199, cand Pontificele catolic Inocenţiu ia sub patronajul sau pe arhidiaconul Cojocnei, Heinrich.
Prima atestare dată asezarii a fost cea de comună (Villa), apoi a ajuns Civitas, adică oraş cu caracter agrar-minier, oraş liber cu privilegii acordate de regii Ungariei încă din secolele XIII-XIV. Odata cu intensificarea exploatării sării, la fel ca şi în celelalte oraşe cu caracter minier şi în Cojocna sunt aduşi colonişti din spatiul germanic, mai ales mineri din Austria nordică.
În anul 1217 numele satului era Kulus, asezarea fiind amintită ca fiind Colonia Hospesilor cu „multe privilegii” întărite prin mai multe diplome, cum a fost cea emisa de cancelaria regelui Andrei al III-lea în anul 1291.
Odata cu marea invazie mongola din 1241 si tinutul Cojocnei intră intr-un declin accentuat datorita distrugerilor si uciderii majoritatii populatiei, la fel cum s-a intamplat peste tot. Coloanele mongole care au distrus cetatea Clujului si au facut una cu pamantul orasul Turda e posibil sa fi ajuns si la Cojocna.
Cert este ca in anul 1291 regele Ungariei incearca repopularea prin colonizare a oraşului Turda si emite o diplomă prin care donează oraşului aceleaşi privilegii de care dispuneau celelalte „ocne de sare” din Ardeal, diplomă în care se aminteşte şi de Cojocna.
O altă diplomă care mentioneaza orasul Cojocna a fost emisă la Visegrad in 1375, în timpul regelui Ludovic cel Mare. După lege numai regii aveau dreptul de a exploata şi valorifica sarea, care constituia in acele timpuri o sursa importanta între veniturile aşa-zise regale.
Regele exploata şi transporta sarea cu iobagii proprii, deci avea interes direct ca aceste locuri să fie bine populate, acesta fiind şi motivul pentru care regele acordă locuitorilor de la ocnele de sare anumite privilegii. După atragerea treptata a colonilor renasc si asezarile miniere. Unele dintre ele, în doar câteva decenii, se ridică la rangul de Oppidum (oraş).
Procesul acesta de dezvoltare a unor localităţi din Transilvania a fost înlesnit şi de către regele Bela al IV-lea, care pe lângă întărirea din nou a privilegiilor acestor oraşe, aduce şi colonişti în aceste localităţi. După venirea coloniştilor localităţile sunt numite Colonia Hospesilor, adică colonia oaspeţilor. Dar numele de Hospitas nu înseamnă întotdeauna colonişti străini, veniţi din alte ţări. Sunt numiţi oaspeţi toţi acei ţărani, meşteşugari etc., care se stabilesc în aceste oraşe importante pe atunci.
În anul 1467, în timpul domniei regelui Matia Corvin, Cojocna îşi pierde drepturile de oraş si este subordonat Clujului pentru a fi apărată de jafurile nobilului Feherdi Ştefan.
În secolul al XVII-lea alte două diplome întăresc privilegiile oraşului Cojocna. Prima, datată 20 octombrie 1611, poartă semnătura principelui Bethlen Gabor şi aminteşte de Cojocna ca Oppidum Coloniense, iar în anul 1617 acesta impune Dietei transilvane o lege prin care „localnicii şi străinii au dreptul să deschidă mine oriunde s-ar afla minereul”. Pe baza acestei legi se deschide şi în Cojocna o nouă ocnă de sare, nu departe de vechea biserica romano-catolică.
De fapt in tot Evul Mediu exploatarea minelor de sare in subteran s-a facut cu detinuti, asa numitii ocnasi, care erau coborati in adanc cu franghiile, uneori fara posibilitatea de a mai iesi vreodata si pentru indeplinirea normei de galeti cu sare li se cobora o galeata de mancare si apa.
In anul 1536 trimisul regal Hans Dernschwam elaboreaza „Raportul privind exploatarea salinelor din Transilvania (Turda, Sic, Cojocna, Ocna Dej si Ocna Sibiului)” in care se arata ca salinele aveau forma de clopot, fiecare cu cate trei puturi: unul pentru extractie, al doilea put cu scari pentru muncitori si al treilea pentru aeraj.
În 1711 austriecii ocupa Transilvania, numind din acel moment guvernatori proprii care aplicau intocmai dispozitiile venite de la Viena. Minele au devenit proprietatea Imperiului Habsburgic, dovadă că cele mai importante galerii poartă numele împăratului în timpul căruia au fost săpate. Austriecii au adus tehnologii noi de exploatare a sării, dar au modificat si administrarea teritoriului, inclusiv printr-o noua impartire teritoriala a Transilvaniei.
Sub acest aspect, in anul 1787 cu o poruncă imperială dată la 3 aprilie oraşul Cojocna este subordonat comitatului/judeţului. Imparatii austrieci au impus modernizarea noilor teritorii si au vizitat in mai multe randuri Ardealul tocmai pentru a vedea la fata locului situatia de fapt, legenda susţinand că împăratul Iosif al II-lea a vizitat aceste locuri şi a şi petrecut o noapte în Cojocna. Amintirea acestei vizite este vizibila si azi pe emblema aflata pe clădirea scolii gimnaziale, unde se vorbeste despre „Imperator pater patriae”.
Cu toate aceste masuri luate sau poate tocmai de aceea, intre anii 1850-1852 ocnele de sare de la Cojocna se inchid. Exista o poveste care susţine că închiderea acestor mine se datorează unor functionari guvernamentali corupti de la Budapesta, care au schimbat mostra de sare adusă de la Cojocna cu cea trimisa de la Turda. Astfel, desi sarea cojocneana a fost calitativ mai bună, inselatoria a facut ca ocnele de aici sa fie inchise, in timp ce exploatarea a continuat la Turda.
La mult timp dupa acest eveniment, prin anul 1883 intelectualii clujeni descopera baltile sarate de la Cojocna si încep să facă baie în lacurile formate pe locul vechilor ocne. Intrucat medicina avansase mult si terapiile balneare erau recomandate multor bolnavi se naşte ideea deschiderii unor băi sărate.
Pe la sfârşitul secolului al XIX-lea se şi fac primele amenajări pentru băile reci şi calde, iar în anul 1888 localnicii au luat un credit în valoare de 400.000 de coroane de la Banca Austro-Ungară ca să amenajeze cele două lacuri sărate, un hotel, un restaurant, sala mare a băilor precum şi alte utilităţi.
Chiar dacă Imperiul Austro-Ungar s-a prăbuşit în anul 1918 iar Banca Austro-Ungară a fost lichidată, localnicii din Cojocna au ţinut să fie corecţi până la capăt. Ei au vândut 400 de iugăre de pământ ca să facă rost de banii necesari pentru lichidarea creditului.
În ceea ce priveste soarta asezării, in anul 1918 Cojocna îşi pierde titlul de oraş la cererea propriilor locuitori, deoarece statutul de oras le provoca numai greutăţi financiare de natura impozitelor si taxelor.